Gli organi istituzionali dell'Ateneo Telematico Pegaso sono: Il Rettore, Il Presidente del Consiglio di Amministrazione, Il Senato Accademico, il Consiglio di Amministrazione, Il Preside della Facoltà di Giurisprudenza, Il Preside della Facoltà di Scienze Umanistiche, ed i Direttori di Dipartimento.
| Organi | Componenti |
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| Rettore | Prof. Pierpaolo Limone |
| Rettore vicario | Prof. Michele Corsi |
| Direttore Generale | Dott. David Vannozzi |
| Presidente del Consiglio di Amministrazione |
Dott. Fabio Domenico Vaccarono |
| Senato Accademico | Prof. Pierpaolo Limone (Rettore) |
| Dott. Fabio Domenico Vaccarono (Presidente del Consiglio di Amministrazione) |
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Prof. Stefano Palermo (Preside Facoltà di Giurisprudenza) |
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| Prof. Michele Corsi (Preside Facoltà Scienze Umanistiche) |
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Prof.ssa Lucia Martiniello (Direttore del Dipartimento di Scienze Umanistiche) |
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Prof. Pierpaolo Limone (Direttore del Dipartimento di Scienze Giuridiche ed Economiche a.i.) |
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| Consiglio di Amministrazione | Dott. Fabio Domenico Vaccarono |
| Dott. Andrea Ferrante | |
| Dott. Massimiliano Mascolo | |
| Dott. Giampiero Mazza | |
| Dott. Pietro Scott Iovane | |
| Collegio Sindacale | Dott. Francesco Facchini (Presidente) |
| Dott. Fernando Morante (Sindaco effettivo) | |
| Dott.ssa Daniela Gravino (Sindaco effettivo) | |
| Direttore Scientifico di Ateneo | Prof. Francesco Fimmanò |
| Preside della Facoltà di Giurisprudenza | Prof. Stefano Palermo |
| Preside Facoltà di Scienze Umanistiche |
Prof. Michele Corsi |
| Dipartimento di Scienze Giuridiche ed Economiche | Prof. Luigi Moccia (Direttore) |
| Dipartimento di Scienze Umanistiche |
Prof.ssa Lucia Martiniello |
| Nucleo di Valutazione | Prof. Federico Alvino (Presidente) |
| Prof. ssa Bondioli Federica | |
| Prof. Tommaso Minerva | |
| Prof. ssa Rumiati Raffaella | |
| Prof. Albert Morer Sangrà | |
| Dott. ssa Tanzilli Patrizia | |
| Prof. Tedesco Vincenzo | |
| Presidio di Qualità di Ateneo | Prof. Alessandra Beccarisi |
| Prof. Gianluca Cavalaglio | |
| Prof. Paolino Fierro | |
| Prof. Gerardo Cringoli | |
| Prof.ssa Francesca Latino | |
| Dott. Angelo Fabio Guida | |
| Centro Linguistico di Ateneo | Prof.ssa Colomba La Ragione (Direttrice) |